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中午吃饭的时候跟豆儿妈闲聊，说我发现各个国家的学者们作报告的风格是特点鲜明又截然不同。每张幻灯一篇论文，一个报告听下来除了你知道这人发文章多以外其他啥都没听明白的，这是咱中国的学者；一个报告正儿八经讲一件事儿，走严谨、扎实的路线，最后稍稍拔高那么一点点儿的，这是欧洲的学者；一个工作就俩仨数据，故事讲的惊天地泣鬼神，搞的你觉得不发俩炸药奖给人家都不好意思的，这是美国的学者；故事平淡无奇，但实验数据多到让你抓狂，并且解决任何问题一律是万年不变的穷举法，这个必然是日本的学者。当然咱做报告一直也是塞文章的风格，后来Shirley受不了了，很委婉的建议：你做报告甭拼命塞文章成不？你就讲一件事情讲清楚就得了，这样大家也能学习点儿什么。所以这几年正在积极的改变风格，等再出去给报告，讲完雄雷不干了，说你小子做报告怎么跟写博客一样，就那点儿破事儿你咋能整出这么多废话？我。。。 讲正事儿。话说当年刚进实验室，对生物一窍不通，就问老板咱做的是啥？老板于是就给我讲了一个至少到目前仍然是我最喜欢的一个故事，当时是基本没听明白，但有一件事情搞懂了：细胞有意思。所以我研究生的专业是分子细胞生物学，受过相当严格的训练，后来转做生物信息学，那也只不过是研究方法变了，关心的问题依然是细胞周期(Cellcycle)。最近正在准备写的一篇博文，就是希望讲这个故事，不过需要看的文献比较多，所以一直是慢悠悠的看。前几天浏览网页，点进了我老板的博士后老板，唐?克利夫兰教授(Prof.DonW.Cleveland)的实验室网站。唐是我要讲的另一个故事主角的学生，在细胞生物学领域是鼎鼎有名并且多才多艺的学者，代表性的工作至少有：1)发现微管结合蛋白(Microtubuleassociatedprotein)Tau，这是个明星分子，在神经系统里表达量高，并且与阿尔茨海默病有关(Alzheimersdisease)，在PubMed数据库里，Tau相关的论文有34,多篇，而年发过诺奖的另一个明星分子泛素(Ubiquitin)，相关的文献也不过41,多篇。2)发现微管蛋白家族的主要成员，后来他老板和他师弟在此基础上提出了“微管动态不稳定”(Dynamicinstabilityofmicrotubule)的调控机制，并且研究这个概念的策略，很大程度上促进了细胞生物学领域“研究范式”(Paradigm)的形成。3)发现驱动蛋白(Kinesin)CENP-E，负责连接着丝粒/动点(Centromere/kinetochore)和微管，是动点这个研究领域的奠基人之一。唐的贡献很多，06年入选美国科学院院士(NationalAcademyofSciences)，年当选美国细胞生物学学会的主席(AmericanSocietyforCellBiology,)。 浏览唐的发表论文列表，别的没看见，一眼就看见了“回复”(response)这个词，并且直接点了对手的名(CENP-AandtheCENPnomenclature:responsetoTalbertandHenikoff)，第一反应就是：这是打架的节奏啊！于是怀着沉(xi)重(yue)的心情赶紧看看。文章看完明白了，总共两场架，第一场是群殴，第二场算是个2vs.2的PK。这场架里唐是乙方，所以我们也有请甲方出场。能跟、并且敢跟美国生命科学领域里重量级学会之一的时任总舵主过招，这肯定不是一般人，最起码得是个美国的科学院院士是吧？对，你没有猜错，05年入选的美国科学院院士，比唐还早一年，史蒂文?海宁科夫(StevenHenikoff)教授。史蒂文在咱生物信息学领域，那绝对是名人堂级别的人物。最主要的贡献就是设计了BLOSUM系列矩阵。在之前的博文《生物信息之拍案惊奇：爸爸去哪儿了？》里，我曾经介绍过生物信息学他妈玛格丽特?奥克雷?戴霍夫(MargaretOakleyDayhoff)的贡献，即首次提出序列比对算法必须用到的打分矩阵PAM系列。问题是史蒂文的BLOSUM系列矩阵的想法更合理、模型更简单、计算更精准、并且应用更方便，所以直接把PAM矩阵KO到了课本里变成古董。问题是史蒂文不光做生信，他拿院士前后已经开始做表观遗传学(Epigenetics)，并且主要的研究兴趣就是着丝粒。早在年，史蒂文等人在PlantCell上的一篇论文里，在拟南芥里发现了一个“着丝粒H3类似组蛋白”(CentromericH3-likehistone)HTR12，这个名称无论是英文还是翻成中文都实在是太长了，因此在07年的一篇PNAS论文里，史蒂文将之缩写成了CenH3。给发现的基因命名，似乎并没有什么不妥，不过这就为后来这场群殴埋下了伏笔。 一、群殴：表观遗传学42人(甲方)vs.细胞生物学57人(乙方) 年，世界各地的42位表观遗传学家们开了一个会，主要的内容就是规范组蛋白(Histone)的命名，开完会之后将讨论的最终结果在Epigeneticschromatin这个杂志上发表了一篇论文。主要的内容有：1)真核生物里组蛋白数量很多，命名五花八门的，并且同一个基因一堆名字，搞的人头大，所以规范组蛋白的基因名称是必须的；2)组蛋白的家族分类和命名，主要参照分子进化树的结果；3)鼓励大家使用标准名称，尽量别用稀奇古怪的名字。作者还以CenH3为例，说着丝粒结合的组蛋白每个真核生物基本就一个，在人类叫CENP-A，芽殖酵母里叫Cse4,拟南芥里叫HTR12，并且在进化树上还分不到一块儿去，也就是说不是起源于共同祖先的，所以干脆按照功能命名，这一家子都叫CenH3得了。 这就出大事了。因为至少人类CENP-A这个名称，是绝对不可以动的，如果这个名字改掉了，那么整个动点的研究领域都可能崩溃。所以唐等人总共57位从事动点研究的学者在年发表了一篇驳斥性的论文。主要的观点就一个：CenH3是不合适的，着丝粒结合的组蛋白“世界语”(Esperanto)应该叫CENP-A。理由有：1)CENP-A(CentromereproteinA)是由这篇驳斥性论文的一作，威廉?恩肖(WilliamC.Earnshaw)等人于年在人类细胞里发现的，后来CENP就被大家看成是着丝粒结合蛋白命名的标准前缀，现在已经发现并命名到CENP-X了。2)CENP-A在酵母里叫Cse4，在果蝇里叫Cid，为啥不改成CENP-A呢？因为学术界的传统是谁发现谁命名，这俩蛋白质在发现其定位于着丝粒之前已经被命名了，所以不能瞎改；3)你们小圈子开会瞎改组蛋白的名字，问题是这篇论文里的作者们一个都不知道，这像话吗？ 基因或蛋白质名称统一，这是好事情，但之所以变成群殴的原因在于：你统一基因名称没问题，可问题是你不能关上门搁自己家里统一名称，完了什么都按你的来，这还讲不讲学术的规矩？要统一大家得一起坐下来谈不是？你要真叫上咱，那咱说什么不能让你改了CENP-A这名字：CENP-A没了，那其他那些CENP弟兄们该放哪儿呢？那这个研究领域还不如关门大吉得了。 所以这场群殴的结果是，甲方：以后都听哥的哈。乙方上去一顿狂砍，完了撂下一句话：边儿呆着去。目测甲方没讨着便宜。 二、2vs.2的单挑 本来应该是一届成功的大会，喜庆的大会，富有成果的大会，结果给弄成群殴并且还被人鄙视不懂江湖规矩，怎么说史蒂文也是顶级学者，这口气咋能咽的下去？真要咽下去了，以后还咋带小弟们啊？所以二话不说，甲方一作和史蒂文联合又发表了一篇论文，主要观点有：1)哥们我上篇文章就2%的内容稍微提了一下着丝粒特异性的组蛋白，踩你尾巴啦？搞那么激动干啥的？2)着丝粒特异性组蛋白每个物种也就一个，命名五花八门的，并且做进化树还归类不到一起去，你瞧瞧我们在拟南芥里还发现个HTR12，我统一叫成CenH3，不是也让步了嘛？3)分子进化/系统发育应该是组蛋白命名的标准，你恩肖制定的啥破规则？20几个相互之间没有一点关联的蛋白质，你非要放在压根就不存在的家族里，这唱的是哪出啊？4)就算是CENP-A，那也不是你恩肖首次发现的，对吧？ 所以说不愧是院士，就是有水平。前面两点无关痛痒的，但后面两条相当的要命。因为CENP系列的蛋白质，相互之间在序列和结构上都没有关联。并且CENP-A的的确确不是恩肖首次发现。这下看起来师公算是彻底被翻盘了不是？ 当然不是。因为这一轮挑衅的作者就俩，所以应战的自然也就俩：威廉?恩肖和师公。在回复的论文里，师公的反驳是：1)按照分子进化分类并命名并不是唯一的学术规则，比如免疫系统里抗原表位分类，之间也没什么相似性不是？这种例子多了去了。所以拿这个不能说事儿。2)CENP之所以叫CENP，那是因为分类是根据细胞结构和功能来分的，咱搞细胞认的是功能，功能！懂吗？3)CENP-A的确不是恩肖首次发现，那是因为年首次发现的时候宣称这不是个组蛋白，而就在这篇论文正式发表的三天之后，恩肖等人发现包括这个蛋白在内的三个定位于着丝粒的蛋白质，并使用了CENP的命名规则，将这三个蛋白质命名为CENP-A,-B,-C。所以恩肖首次正确发现CENP-A的功能，这个是木有问题的。4)这得叫CENP-A，不叫CenH3。 结论：第一，在生命科学领域，基因、蛋白质命名不是乱，而是乱的一塌糊涂，一个基因可以有几十个不同的名字，不同的基因也可以有相同的名字，例如APC，既可以是结肠腺瘤样息肉基因(Adenomatouspolyposiscoli)，也可以是细胞有丝分裂后期促进复合物(Anaphasepromoting北京治疗最好白癜风医院的偏方北京看白癜风哪家医院效果最好
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